Fossiele resten van Homo erectus, ook bekend als de Javamens, bewijzen dat de Indonesische archipel al bewoond werd zo’n 2.000.000 tot 600.000 jaar geleden. Austronesiërs die tegenwoordig het grootste gedeelte van de bevolking vormen migreerden vanaf Taiwan in zuidoostelijke richting. Ze bereikten Indonesië ongeveer 2000 voor Christus en verdreven daarbij de inheemse Melanesische bevolking richting het oosten. De ideale omstandigheden voor landbouw en de ontwikkeling van natte rijstbouw rond 800 v.Chr. zorgden ervoor dat dorpen, steden en kleine koninkrijken konden floreren rond de eerste eeuw v.Chr.. De zeestraten die in Indonesië zeer gunstig gelegen zijn, stimuleerde zowel de handel tussen de eilanden als wel de internationale handel. De handelsroutes met bijvoorbeeld de Indiase koninkrijken en China ontstonden reeds enkele eeuwen v.Chr.. Deze handel heeft sindsdien de geschiedenis van Indonesië sterk bepaald.

Vanaf de 7e eeuw floreerde het zeevarende koninkrijk Srivijaya als gevolg van de handel en de invloed van het Hindoeïsme en Boeddhisme dat hiermee geïmporteerd werden. Tussen de achtste en de 10e eeuw gingen de hoogontwikkelde landbouwbeschavingen van de boeddhistische Sailendra en hindoeïstische Mataram ten onder in de binnenlanden van Java. Ze lieten schitterende religieuze bouwwerken achter zoals de Borobudur gebouwd door de Sailendra's en de Prambanan van de Matarams. Het hindoeïstische Majapahit koninkrijk ontstond op oostelijk Java in de late 13e eeuw en onder Gajah Mada reikte zijn invloed over het grootste gedeelte van Indonesië. Deze periode wordt ook wel de gouden eeuw van Indonesië genoemd.

Hoewel islamitische handelaren al sinds het begin van het islamitische tijdperk Indonesië bezochten, dateren de eerste aanwijzingen voor een islamitische populatie pas uit de 13e eeuw, toen een groot gedeelte van het eiland Sumatra zich tot de islam bekeerd had. Gelijkelijk namen steeds grotere gedeelten van Indonesië de islam over als geloof en tegen het eind van de 16e eeuw was het zowel in Java als Sumatra de dominantie religie. De islam overlapte en mixte met de reeds bestaande culturele en religieuze tradities, welke van hun kant ook weer de vorm van de islam bepaalden, vooral op Java.

De eerste groep Europeanen arriveerden in 1512. Portugese handelaren onder leiding van Francisco Serrão, probeerden de herkomst van de specerijen nootmuskaat,kruidnagel en peper te vinden en deze voor de internationale handel te beheersen.